Cell Line Synopsis
Cell Line Overview
Mutations
Copy Number Variation
Gene Expression
RNAi
Compound Sensitivity Profile
Similar Cell Lines

SW 48 - Copy Number Variation - Cell Line Synopsis

External Data Sources:COSMIC - Cell Lines Project
Genome Average Copy Number: 2.05

Regions

Chromosome Genome Start Genome Stop Copy Number Signal
Y24344682245717980loss
677439868774528040loss
Y265043929460260loss
Y28392699286228960loss
Y579670158975450loss
2421386542231680loss
Y26049927262164520loss
Y19771990198264790loss
Y27731991278751730loss
Y28782094589686250loss
Y59005144590059620loss
71424760771424863460loss
Y964855199577220loss
Y10037297173164920loss
Y17515685196165360loss
Y20899577212014240loss
Y21386138236537720loss
Y23759882239840560loss
278034520781349820loss
360421119604668430loss
360527479605464800loss
X700255570782500loss
Y596500561014260loss
Y640853568901260loss
Y716775384189270loss
Y863108395776290loss

Genes

Ensembl Gene Gene Name(s) Copy Number Signal Chromosome Start Stop Strand
ENSG00000250606PRSS3P20loss71424780641424824161
ENSG00000223955MTND6P10lossY82315778232000-1
ENSG00000227204RBMY2JP0lossY799517180122441
ENSG00000234179MTCYBP10lossY823207382331911
ENSG00000228927TSPY30lossY923603093073571
ENSG00000238154USP9YP40lossY90272389042220-1
ENSG00000183385TTTY80lossY952870995315661
ENSG00000225685TSPY5P0lossY99041639906760-1
ENSG000002713090lossY1326306513263272-1
ENSG00000215583ASS1P60lossY1404324214044475-1
ENSG000002705700lossY1326339513263563-1
ENSG00000227447XGPY0lossY1455184514619171-1
ENSG00000223915DPPA2P10lossY15342765153433201
ENSG00000236131MED13P10lossY17019778170199481
ENSG00000241859KALP0lossY15863536160277041
ENSG000002526640lossY18174646181747091
ENSG00000271595TCEB1P350lossY1957675919577094-1
ENSG00000131002TXLNG2P0lossY21729199217681601
ENSG00000230904XKRYP20lossY2097322420973715-1
ENSG00000237427TOMM22P10lossY23292756232930671
ENSG00000232634NEFLP10lossY2338299223383975-1
ENSG00000230029CDY11P0lossY23858456238601061
ENSG00000237023USP9YP30lossY23823812238358941
ENSG00000229234RBMY1KP0lossY24355478243627271
ENSG00000237902TSPY21P0lossY2454655024548715-1
ENSG00000215560TTTY50lossY2444294524445023-1
ENSG00000224571USP9YP130lossY26066052260676571
ENSG00000235004USP9YP300lossY27869163278703331
ENSG00000229238PPP1R12BP10lossY2842407028500565-1
ENSG00000251841RNU6-1334P0lossY265279026528941
ENSG00000129824RPS4Y10lossY270952728000411
ENSG00000231535LINC002780lossY287095329703131
ENSG00000227289HSFY3P0lossY27497242751693-1
ENSG00000226863SHROOM2P10lossY14649708146568181
ENSG000002692910lossY15418467154291811
ENSG00000235451PNPLA4P10lossY16192955161984801
ENSG00000129862VCY1B0lossY16168097161688381
ENSG00000165246NLGN4Y0lossY16634518169575301
ENSG00000226555AGKP10lossY16750976167522381
ENSG00000224151USP9YP280lossY2099488821001199-1
ENSG000002677930lossY21760074217606431
ENSG00000251970RNU1-41P0lossY2099561520995776-1
ENSG00000226504TMEM167AP10lossY2306923023069448-1
ENSG000002366150lossY23567656235678811
ENSG000002544880lossY2320017523206610-1
ENSG00000271123TCEB1P50lossY2379356923793901-1
ENSG00000226941RBMY1J0lossY24454970245640281
ENSG00000229940TSPY22P0lossY2445207224454098-1
ENSG00000259247TTTY25P0lossY24476599244786471
ENSG00000234081TCEB1P100lossY2615305826153384-1
ENSG00000228465TRAPPC2P100lossY2611371126116841-1
ENSG00000225287OFD1P13Y0lossY2782120727843493-1
ENSG00000237195DLGAP5P10lossY602684360273061
ENSG00000252633RN7SKP2820lossY71923387192636-1
ENSG00000215601TSPY24P0lossY814823981502501
ENSG000002519960lossY720957272096831
ENSG00000227830TRIM60P3Y0lossY82810788282095-1
ENSG00000180910TTTY110lossY86513518685423-1
ENSG000002635020lossY1334035913340440-1
ENSG00000238074TSPY6P0lossY932492293276891
ENSG000002713750lossY1362940313629913-1
ENSG00000225117ARSDP10lossY14474827144991231
ENSG00000235649MXRA5P10lossY14077914141080921
ENSG000002525860lossY14482123144822301
ENSG00000234059CASKP10lossY1504207515060090-1
ENSG00000249501USP9YP20lossY2093816520941313-1
ENSG00000236429GPM6BP20lossY2090372920903872-1
ENSG00000229236TTTY100lossY2262755422681114-1
ENSG00000238088OFD1P7Y0lossY21010150210291661
ENSG000002168440lossY2300514223005596-1
ENSG00000226369USP9YP110lossY26081100260862481
ENSG00000231423RAB9AP50lossY26102716261063651
ENSG00000225609CDY20P0lossY27764791277664001
ENSG00000232064USP9YP330lossY2773647027738492-1
ENSG00000252426RNU1-107P0lossY27869489278696421
ENSG00000270535TCEB1P340lossY27809047278093731
ENSG00000231141TTTY30lossY27874637278795351
ENSG00000233843CYCSP480lossY28546758285473771
ENSG00000067646ZFY0lossY280311228505471
ENSG00000236435TSPY12P0lossY75557807557589-1
ENSG00000092377TBL1Y0lossY677872769597241
ENSG00000237048TTTY120lossY767296576787241
ENSG000002366900lossY755855275607191
ENSG00000225809RBMY2KP0lossY81324908145229-1
ENSG00000215603ZNF92P1Y0lossY77217277722917-1
ENSG00000233803TSPY40lossY917507391778931
ENSG00000226529MTND1P10lossY823970482400711
ENSG00000187657TSPY13P0lossY97432049745748-1
ENSG00000224336FAM197Y10lossY93742419384693-1
ENSG00000251705RNA5-8SP60lossY10037764100379151
ENSG00000224060ARSEP10lossY14460540144682261
ENSG00000258991DUX4L190lossY13488005134892711
ENSG00000258567DUX4L160lossY13462594134638571
ENSG00000224035SFPQP10lossY15195704152077191
ENSG00000206159GYG2P10lossY1447514714532255-1
ENSG000002526890lossY1825012818250259-1
ENSG00000227166STSP10lossY17659096177052111
ENSG00000227871USP9YP120lossY2609207426098440-1
ENSG00000231026XKRYP40lossY2606338826063870-1
ENSG00000231375CDY17P0lossY2619602526197634-1
ENSG000002517960lossY28393531283936681
ENSG00000225520TTTY160lossY75673987569288-1
ENSG00000241200ZNF736P7Y0lossY78590287859847-1
ENSG00000229745BPY2DP0lossY78010387805681-1
ENSG00000239893ZNF736P9Y0lossY79369377938764-1
ENSG00000216824ZNF736P10Y0lossY82868328287941-1
ENSG00000224634ZNF736P6Y0lossY821897282201841
ENSG00000232235CDY3P0lossY90036949005311-1
ENSG00000197038RBMY1A3P0lossY91487399160483-1
ENSG00000225560FAM197Y80lossY91851209193010-1
ENSG00000236786TSPY15P0lossY938571793882901
ENSG000002255160lossY92930129344176-1
ENSG000002326170lossY950283895066191
ENSG00000231874TSPY18P0lossY970727397083901
ENSG00000239225TTTY230lossY974840797495711
ENSG00000252289RNA5SP5190lossY99304849930602-1
ENSG000002713650lossY1326274113262939-1
ENSG00000183704SLC9B1P10lossY1349624113524717-1
ENSG00000259029DUX4L180lossY13477233134784991
ENSG00000234385RCC2P10lossY1390175813903233-1
ENSG00000067048DDX3Y0lossY15016019150323901
ENSG00000114374USP9Y0lossY14813160149727641
ENSG00000154620TMSB4Y0lossY15815447158179041
ENSG00000215414PSMA6P10lossY15398518153992581
ENSG00000129864VCY0lossY1609765216098393-1
ENSG00000228787NLGN4Y-AS10lossY1690552216915913-1
ENSG00000252323RNU6-184P0lossY1844816318448269-1
ENSG00000252173RNU6-109P0lossY18360815183609211
ENSG00000228518SURF6P10lossY19304706193055321
ENSG00000224989FAM41AY10lossY19612838196268981
ENSG00000238135USP9YP100lossY20987993209913731
ENSG00000217896ZNF839P10lossY21147061211482841
ENSG00000185275CD24P40lossY2115435321154595-1
ENSG00000232522ZNF886P0lossY2216307122174090-1
ENSG00000237997RCC2P20lossY2214846122149738-1
ENSG00000229551GAPDHP170lossY23023223230242231
ENSG00000169849TSPY14P0lossY23630044236325691
ENSG00000183146CYorf170lossY2354484023548246-1
ENSG00000243040RBMY2FP0lossY24455006244679721
ENSG00000223600EEF1A1P410lossY28631082863314-1
ENSG00000229163NAP1L1P20lossY27970422799161-1
ENSG00000099721AMELY0lossY67339596742068-1
ENSG00000252472RNU6-521P0lossY72910957291199-1
ENSG00000237701ATP5JP10lossY676879467694131
ENSG00000264268MIR47670lossX706590170659781
ENSG00000157828RPS4Y20lossY22918050229429181
ENSG00000228764ZNF885P0lossY22551937225586821
ENSG00000215580BCORP10lossY2161731721665039-1
ENSG00000232585OFD1P12Y0lossY26118927261412281
ENSG00000223856RAB9AP20lossY2785605527859704-1
ENSG00000252948RNU6-1314P0lossY28507136285072391
ENSG00000237659RNASEH2CP10lossY265786826583691
ENSG00000252155RNU6-941P0lossY724671372468201
ENSG00000233634GOT2P50lossY670574867062931
ENSG00000234850MTND2P30lossY824028282407511
ENSG00000238073RBMY2HP0lossY75397847544065-1
ENSG00000228383FAM197Y70lossY92054129235047-1
ENSG00000231988OFD1P3Y0lossY889863589080291
ENSG00000230066FAM197Y30lossY93348969342768-1
ENSG00000237802FAM197Y60lossY92257319233636-1
ENSG000002283790lossY965092496551221
ENSG00000226223TSPY16P0lossY94778589478325-1
ENSG000002351930lossY992563599271951
ENSG00000234950RBMY2OP0lossY978916297970321
ENSG00000229208RBMY2NP0lossY96690279684305-1
ENSG000002702420lossY13551375135527521
ENSG00000259154DUX4L170lossY13470597134718631
ENSG000002245180lossY17053626170545951
ENSG000002651610lossY1394744313947512-1
ENSG00000248573PRYP60lossY2095259520952937-1
ENSG00000228193TCEB1P140lossY20949636209499661
ENSG00000252766RNU6-255P0lossY2118086921180973-1
ENSG00000217179MTCYBP20lossY21033988210341581
ENSG000002285500lossX70310467031445-1
ENSG00000251917RNU1-86P0lossY2609276526092918-1
ENSG00000225256TRAPPC2P50lossY27845598278487091
ENSG00000188399ANKRD36P10lossY28555962285666821
ENSG00000232195TOMM22P20lossY269602326962591
ENSG00000233070ZFY-AS10lossY28348852870667-1
ENSG00000224953SRIP30lossY65870036587221-1
ENSG000002234220lossY754694075490691
ENSG00000244246ZNF736P8Y0lossY77814637782131-1
ENSG00000234795RFTN1P10lossY75810267677302-1
ENSG000002282070lossY87692448771317-1
ENSG00000224408USP9YP220lossY902130390234121
ENSG000002300250lossY88397928842136-1
ENSG00000232924TCEB1P40lossY906852490688561
ENSG00000188656TSPY7P0lossY921573192184801
ENSG00000234803FAM197Y20lossY93552089364506-1
ENSG000002700730lossY934520593477841
ENSG00000243643TSPY20P0lossY987380498759841
ENSG00000234110TSPY25P0lossY946179294639611
ENSG000002528550lossY1334055113340633-1
ENSG00000232226ARSFP10lossY1437302514378737-1
ENSG00000236477RPS24P10lossY14365457143661621
ENSG00000233864TTTY150lossY14774265148041621
ENSG00000243980RN7SL702P0lossY14394177143944651
ENSG00000228411CDY4P0lossY1491390614915763-1
ENSG000002235170lossY1638809216389369-1
ENSG00000227949CYCSP460lossY1705342717053630-1
ENSG00000176728TTTY140lossY2103438721239302-1
ENSG00000012817KDM5D0lossY2186575121906825-1
ENSG000002690840lossY2173789521738068-1
ENSG00000237269RBMY2TP0lossY2359258323599131-1
ENSG000002357190lossY2362727023629049-1
ENSG00000226042CDY10P0lossY2379936123800927-1
ENSG00000223637RBMY2EP0lossY2355687723563471-1
ENSG00000229416USP9YP80lossY2383913223843004-1
ENSG00000172352CDY1B0lossY2619137626194166-1
ENSG00000172288CDY10lossY27768264277710491
ENSG00000184895SRY0lossY26548962655740-1
ENSG000001733570lossY877426587841141
ENSG00000229549TSPY80lossY919540692184791
ENSG00000232808TTTY200lossY91674899172441-1
ENSG00000258992TSPY10lossY923607693073571
ENSG00000231436RBMY3AP0lossY94481809458885-1
ENSG00000236424TSPY100lossY936548993682911
ENSG00000147761TTTY7B0lossY95444339552871-1
ENSG00000228890TTTY210lossY95552629558905-1
ENSG00000251766RNA5SP5180lossY99280199928137-1
ENSG00000236718RBMY2QP0lossY98600989871796-1
ENSG00000270455PABPC1P50lossY13491303134933691
ENSG000002356910lossY992841199288161
ENSG00000233774MED14P10lossY1473091514746333-1
ENSG00000232730FAM8A4P0lossY14442350144435621
ENSG00000235462TAB3P10lossY1526584215274125-1
ENSG000002526940lossY1577984015779936-1
ENSG00000183878UTY0lossY1536025915592553-1
ENSG000002662200lossY1636406516364171-1
ENSG000002651970lossY1839812718398238-1
ENSG00000234529GAPDHP190lossY21489455214904591
ENSG00000198692EIF1AY0lossY22737611227550401
ENSG000002601970lossY2185382721856492-1
ENSG00000225624TBL1YP10lossY22889140229047861
ENSG000002269180lossY23473154234807811
ENSG00000224482HSFY4P0lossY2297066222973695-1